La carte de la Grande Aventure se compose de trois zones à explorer. Les deux premières sont semblables aux aventures précédentes et sont à l’effigie de Phantom Hourglass à droite et de Spirit Tracks à gauche. Dans la première vous trouverez les missions pour améliorer les armes de Zelda spectrale, et dans la seconde, ce sont les niveaux supérieurs de la Baguette des sables qui peuvent être récupérés.
La troisième des parties concerne les huit cases centrales masquées par la brume et le Sablier Fantôme. Pour accéder à ces cases, il sera nécessaire de battre le boss final de chacune des deux premières parties qui se trouve respectivement à la case A8 pour Spirit Tracks et à la case M2 pour Phantom Hourglass. Une fois cette partie dégagée, le Sablier Fantôme disparaît.

Ce Sablier Fantôme possède une réserve de sable qui diminue toutes les trois batailles. Lorsque tout le sable s’est écoulé, une malédiction se répand sur les deux cartes et freine vos déplacements. Pour remplir à nouveau le Sablier, il est nécessaire de réussir une mission « Choc ! », et ce, même si ce n’est pas la première fois que vous remportez la bataille.

Pour vous aider, en plus des objets habituels d’exploration, il existe deux types d’objets, limités dans le temps, vous facilitant votre progression. Lorsque l’un des pouvoirs est actif, il n’est pas possible d’utiliser une autre carte objet « navire » ou « locomotive ». Le compteur de chaque effet diminue après chaque bataille. Lorsqu’il atteint 0, l’effet se dissipe. Les pouvoirs du capitaine permettent d’obtenir des meilleurs rangs à la fin des missions. Les pouvoirs du conducteur permettent de modifier les caractéristiques suivantes des batailles : les éléments efficaces, les restrictions et les rangs nécessaires pour passer à la case suivante.

• Hélice des bourrasques : utilisez-la sur les moulins à vent pour trouver des escaliers cachés.
• Canne à pêche : utilisez-la sur un poisson dans l'eau pour le pêcher.
• Canon : utilisez-le sur les rochers pour trouver des trésors cachés.
• Rail : utilisez-le sur les voies ferrées interrompues pour pouvoir avancer sur une carte voisine.
• Ardoise des tornades : utilisez-la sur une grenouille dorée pour faire apparaître l'ennemi.
• Navire de Linebeck : facilite l'obtention de notes plus élevées pour le nombre de K.-O.
• Navire de fer : facilite l'obtention de notes plus élevées pour le temps.
• Navire d'or : facilite l'obtention de notes plus élevées pour les dégâts subis.
• Locomotive des dieux : permet d'avancer sur toutes les cartes en obtenant un rang C.
• Locomotive d'acier : ajoute des éléments efficaces aléatoires pour que toutes les cartes en aient deux.
• Locomotive d'or : les restrictions de personnage sont levées sur toutes les cartes.

De plus, des Pierres de vent sont dispersées sur certaines cartes. Vous pouvez utiliser sur elles une carte item pour la dédoubler. Les pierres de vent disparaissent temporairement après utilisation et finissent par réapparaitre au bout de quelques batailles. En association, des cartes de Linebeck et associés apparaissent sur certaines cases. Vous pourrez alors en échange d’une carte objet recevoir une nourriture de fée de grade or. À certains moments, des promotions spéciales qui ne durent que le temps d’une bataille auront lieu et vous recevrez deux aliments contre une seule carte objet.