1998 : Ocarina of Time

Le plus grand changement intervient avec Zelda64. Pour le passage à la 3D, Ganon prend une apparence humaine pour devenir le roi des voleurs Ganondorf. Il fait peu d'apparitions mais elles sont chacune très habiles et tiennent le joueur en haleine. Il est au cœur de l'intrigue du début à la fin et sa personnalité rompt définitivement avec celle des épisodes antérieurs. Il est présenté comme un personnage rusé et manipulateur.

Alors que durant la première moitié du jeu Ganondorf est une menace qui plane sur le royaume, à la moitié du jeu on assiste à un coup de théâtre : Link se réveille dans un futur post-apocalyptique où son ennemi juré règne sur Hyrule. On découvre alors la dernière zone inexplorée du jeu, le désert d'où il est originaire. On rencontre ses sbires comme les sorcières jumelles mais aussi sa tribu, des amazones où il de trouve être le seul homme né depuis 100 ans.

La mise en scène pour le combat final est très impressionnante pour l'époque : Il faut escalader un escalier interminable. A chaque étage de la tour la musique de l'orgue qu'il est en train de jouer est de plus en plus perceptible.

Après l'avoir vaincu, il faut s'échapper de la tour avec Zelda avant qu'elle ne s'écroule. S'en suit un final épique contre Ganondorf transformé en monstre sous l'effet de la colère, c'est la naissance de Ganon. Sa prestation dans ce jeu est une totale réussite. Elle servira de référence et le personnage qui au départ ne devait être que la genèse du monstrueux Ganon refera plusieurs apparitions.

Manga Ocarina of Time

2000 : Démo technique Gamecube

Présentée lors du salon Spaceworld en 2000, il s'agit d'une démo technique pour montrer la puissance de la Gamecube. On y voit un duel entre Link et Ganondorf inspiré d'Ocarina of Time. Après le triomphe de Zelda64, elle montre l'attente des joueurs de revoir un jour un duel entre les deux principaux personnages de la saga.

2001 : Oracle of Ages/Seasons

Chacun des deux oracles a un boss final différent mais lorsque l'on finit dans n'importe quel ordre l'une des deux cartouches on obtient le code permettant de jouer à la seconde aventure avec des légères modifications. Pour la première fois dans un Zelda il y a une fin secrète qui se résume à un combat contre Twinrova puis contre Ganon fraichement ressuscité. Malheureusement rien à voir avec Ocarina of Time, le jeu est dans le prolongement de A Link to the Past il s'agit donc du même Ganon monstrueux. L'affrontement est assez basique mais reste sympathique. Un passage éclair vite oublié.

Manga Oracle of Ages

2001 : Smash Bros Melee

Ganondorf fait partie des personnages jouables, mais il n’est pas disponible dès le départ. C’est un combattant lourd doté d’une très grande force qui le rend faible en 1v1 mais redoutable en mêlée. Il est similaire à Falcon de F-zero. Il existe comme tous les personnages jouables du jeu 3 trophées chacun étant accompagné d’un commentaire :

On dit que Ganondorf est le seul homme né dans la tribu Gerudo depuis les cent dernière années. Il vola un morceau de la Triforce dans le Temple du Temps quand Link sortit l’Epée de Maître de son socle. Avec la Triforce de la puissance en sa possession, Hyrule a été plongé dans les ténèbres jusqu’à la victoire de Link.

Comme il est lent et ne peut pas sauter très haut, Ganondorf compte essentiellement sur sa grande force physique pour dominer ses ennemis. Son poids le rend également très difficile à sortir de l’écran. Son Warlock est lent mais très puissant, et quand ils sont touchés par son Dragon Gerudo, ses ennemis s’envolent entourés de flammes. Le manque de vitesse de Ganondorf joue contre lui dans les un contre un, mais dans les mêlées, il peut compter sur sa puissance phénoménale pour faire de nombreux K.O. Ganondorf ne frappe pas vite, mais chaque coup compte vraiment. Son coup le plus rapide est le Pied du Sorcier et son plongeon sombre blesse ses adversaires dans une explosion d’énergie noire.

Attaques spéciales

• B : Poing Warlock : Un coup de poing d’une puissance phénoménale qui peut assurer un K.O direct si l’adversaire est un peu blessé, malheureusement c’est un coup très lent, donc difficile à réaliser surtout face à des personnages rapides.
• Smash + B : Dragon Gerudo : Un uppercut moins puissant que le poing warlock mais plus rapide.
• B + bas : Pied du sorcier : Un tacle glissé très efficace surtout en mêlée.

2002 : The Wind Waker

The Wind Waker est certainement après Ocarina of Time l'apparition la plus marquante du personnage. L'histoire d'Ocarina of Time est racontée dans l'introduction. On apprend que longtemps après sa défaite, Ganondorf est revenu à la vie mais personne n'a pu l'arrêter et le royaume fut engloutit dans l'océan. Durant la première moitié du jeu, Ganondorf se cache dans la forteresse maudite. Il a kidnappé des jeunes filles dont la sœur de Link afin de retrouver la descendante de Zelda. Lors de sa deuxième visite à la forteresse, Link va affronter le fantôme de Ganon, son double magique, avant d'aller affronter l'oiseau géant qui retient sa sœur prisonnière.

Lorsque Link rencontre Ganondorf, il n'arrive pas à le vaincre. Il faut en effet qu'il redonne à Excalibur (Master Sword) le pouvoir de repousser le mal en traversant deux autres donjons. Pendant que Link continue sa quête, Ganondorf en profite pour kidnapper Tetra, la descendante de Zelda. Il l'emmène alors sous la mer dans l'ancien royaume d'Hyrule.

Lors de son face à face avec Ganondorf dans son château, Link voit Ganondorf au chevêt de Zelda. Après une brève discussion, le seigneur du mal décide de tester Link pour voir s'il mérite son titre de héros. Il se transforme alors en un monstre immense et grotesque : la marionnette de Ganon. Cette dernière changera deux fois de forme (araignée puis chenille) avant d’être vaincue. Alter-Ganon Lieu de résidence : Château de Ganon. Arme efficace : Flèche de Lumière. Alter Ganon est une gigantesque marionnette dirigée par Ganondorf. Il se présente sous 3 formes, toutes vulnérables aux Flèche de Lumière. Il est plus efficace de bouger et de tenter de se trouver au bon endroit pour tirer sur Alter-Ganon que d’essayer de viser le même endroit pendant des heures.

Une fois Alter-Ganon défait, Link poursuit Ganondorf sur le toit du château. Ganondorf arrive alors à le mettre K.O et à réunir la Triforce. Il fait le voeu de posséder Hyrule, mais l’esprit du Lion rouge intervient et réussit à toucher la Triforce avant Ganondorf. Alors que le monde d’Hyrule tombe en ruines, Ganondorf fou de rage engage un duel à l'épée. Cette fois Link est accompagné de Zelda qui manie l’arc et la flèche de lumière. Ganondorf Bastion : Château de Ganon. Armes efficaces : Flèche de Lumière, Excalibur. Ganondorf possède la Triforce de la Force et se trouve à la tête d’une armée de monstres. Même un brave comme Link ne peut l’affronter seul : l’aide de quelqu’un d’autre lui est nécessaire. Finalement Ganondorf se retrouve figé par Excalibur plantée dans sa tête. Le royaume d'Hyrule est alors englouti, laissant planer le mystère sur sa mort. The Wind Waker est surtout apprécié des fans pour avoir approfondi la psychologie du personnage. Ce dernier est assez ambigu sur ses motivations, il n'élimine pas Link lorsqu'il en a l'occasion et semble mélancolique du royaume d'Hyrule qu'il convoite par jalousie.